وُلد العلّامة السيد محمد تقي الخوئي (قده) في التاسع من محرّم الحرام سنة ١٣٧٨هـ، الموافق ١٩٥٨/٧/٢٧م، في النجف الأشرف، مدينة العلم والخير والعطاء، حيث مثوى باب علم النبي(ص) الإمام علي بن أبي طالب(ع). نشأ في أسرةٍ شريفةٍ من سلالة النبي الكريم(ص)، ذات تاريخٍ علميٍّ وفقهيٍّ طويل، غنيةٍ عن التعريف. تربّى في بيت والده الإمام السيد أبو القاسم الموسوي الخوئي (قده)، الذي أراد لولده أن يكون علماً بارزاً من أعلام الأمة الإسلامية، فغرس فيه الطموح وحبّ الخير والعلم والفضيلة، ومنحه الكثير من عطفه ورعايته وتوجيهاته، كما أولاه لاحقاً ثقته الكاملة، فكان بحقٍّ مدرسته الأولى.

وورث من والده العظيم النباهة والسؤدد، كما غذّته والدته الطاهرة من إخلاصها وورعها، فاجتمعت له الخصال الحميدة التي كوّنت منه مثال الطالب المهذّب المجدّ، ثم الأستاذ والعالم المجتهد الورع، ومن بعد ذلك رائداً للخدمات الاجتماعية والثقافية والخيرية في زمنٍ صعبٍ قلّ فيه المخلصون للدين وخدمة الناس والوطن.

تلمذ الشهيد في مدارس النجف الأكاديمية، والتحق مبكرا بالحوزات العلمية الدينية، ونهل من المنبر الصافي في مدرسة "دار الحكمة" التي أنشئت بأمر المرجع الديني الراحل الإمام الحكيم رضوان الله تعالى عليه، حيث توفرت فيها المكانة العلمية بوجود أساتذة بارعين، وأجواء التحصيل والدرس والتعلم، وتخرّج منها بتفوق ملتحقا بحلقات دروس السطوح في الحوزة، وتلمذ علي يد أساتذتها الأفاضل، ومنهم سماحة المغفور له آية الله السيد عبد الصاحب الحكيم (قده) الذي خصه بوافر عنايته إذ وجد فيه الكفاءة والمواهب الخلاّقة، فانصقلت شخصيته العلمية توجيهاً وأداءً، حتى أكمل دروس المتون العليا، والتحق بحلقات بحوث والده في مسجد الخضراء، حيث كان الإمام يلقي دروسه، فنهل من ذلك المنبع الفياض، وأخذ يدوّن محاضرات الوالد الأستاذ ويعرضها عليه ليبدي ملاحظاته عليها وسرعان ما عرف الطالب الجديد في تلك الأوساط، بجده واجتهاده، وتفوقه على أقرانه، وبمثابرته ودقته وتمحيصه في قبول الآراء أو ردّها، وظهرت قابلياته واشتهر صيته، حتى أصبح أستاذاً بارزاً يقصد مجلس درسه أعداد من أفاضل الطلبة للاستفادة منه، حيث بدء الشهيد بالقاء الدروس لطلاب مرحلة السطوح العليا في حوزة والده في مدرسة "دارالعلم".

كان مكتب سماحة المرجع الأعلى الإمام الخوئي (قده)، يدار من قبل نخبة من المساعدين من ذوي القابليات الفذة والعلماء الأفضال، يؤازرون أستاذهم ومرجعهم في القيام بأعباء المرجعية الثقلية.

فمجال إدارة المكتب وتنفيذ الخدمات الاجتماعية وتفقد شؤون الأمة ورعايتها، كان يتم باشراف نجله الأكبر سماحة حجة الإسلام والمسلمين المغفور له السيد جمال الدين الخوئي(قده) ولسنوات عدة وبعد اضطرار السيد جمال الدين إلى مغادرة العراق إلى سوريا إثر المضايقات المستمرة من قبل النظام الغاشم، إنبرى العلامة الشهيد السيد محمد تقي لسد ذلك الفراغ فقام بدوره أحسن قيام.

ومنذ توليه إدارة شؤون المكتب أخذ الفقيد على عاتقه أمر تطوير الخدمات الاجتماعية والرفع من مستواها، وانشاء المشاريع الكثيرة للإغاثة والرعاية، مع السهر على نجاحها، وتفقد العوائل التي فقد كفيلها، والشد من عضدها لمواجهة الأوضاع المأساوية الصعبة التي يمر بها العراق.

كما قام بالإشراف على تأسيس المعاهد العلمية، والتأكد من حسن سيرها وتأمين حاجاتها، ولا يسع المجال لحصر المبادرات المجيدة والكثيرة في هذا المختصر، إلا أن المعروف من أن الفقيد قام بعبء رعاية الأسر الجليلة من آل الحكيم وآل بحر العلوم وغيرها من العوائل الكريمة والأسر المحترمة وآلاف الفقراء والمحتاجين، حين زُجّ برجالها في سجون الطاغية، فكان الفقيد هو الممثل الشخصي لوالده الإمام الراحل في التفقد والرعاية على نحو يليق بشأنهم وكرامتهم. وفي أعقاب الانتفاضة الشعبانية وما جرى يومها على الكثير من العوائل الكريمة، لا سيما أساتذة وطلاب الحوزة العلمية الذين اعتقلهم النظام في بغداد، أخذ الفقيد على عاتقه مهمة رعايتهم وتفقد أحوالهم وتلبية حاجاتهم ما وسعته الظروف، رغم مشاغله ومشاكله الكثيرة وسخط النظام عليه جراء هذه الخدمات الإنسانية.