تتلمذ الإمام الخوئي (قدس سره) على كوكبة من أكابر علماء الفقه والأصول، ومراجع الدين العظام في بحوث الخارج، ومن أشهر أساتذته البارزين:
آية الله الشيخ فتح الله المعروف بشيخ الشريعة، المتوفى سنة ١٣٣٩هـ.
آية الله الشيخ مهدي المازندراني، المتوفى سنة ١٣٤٢هـ.
آية الله الشيخ ضياء الدين العراقي، ١٢٧٨-١٣٦١هـ.
آية الله الشيخ محمد حسين الغروي، ١٢٩٦-١٣٦١هـ.
آية الله الشيخ محمد حسين النائيني، ١٢٧٣-١٣٥٥هـ، الذي كان آخر أساتذته.
كما حضر قدس سره، ولفترات محددة عند كل من:
آية الله السيد حسين البادكوبه أي، ١٢٩٣-١٣٥٨هـ، في الحكمة والفلسفة.
آية الله الشيخ محمد جواد البلاغي، ١٢٨٢-١٣٥٢هـ، في علم الكلام والتفسير.
آية الله السيد ميرزا علي آقا القاضي، ١٢٨٥-١٣٦٦هـ، في الاخلاق والسير والسلوك والعرفان.
وقد نال درجة الإجتهاد في فترة مبكرة من عمره الشريف، وشغل منبر الدرس لفترة تمتد إلى أكثر من سبعين عاما، ولذا لقب بـ ‘‘ أستاذ العلماء والمجتهدين ‘‘.
وله إجازة في الحديث يرويها عن شيخه النائيني عن طريق خاتمة المحديثين النوري، المذكور في آخر كتاب ‘‘ مستدرك الوسائل ‘‘ لكتب الإمامية، وأهمها الكافي، ومن لا يحضره الفقيه، والتهذيب، والإستبصار، ووسائل الشيعة، وبحار الأنوار، والوافي، كما وله إجازة بالرواية عن طرق العامة، عن العلامة الشهير السيد عبدالحسين شرف الدين العاملي قدس
سره، المتوفى سنة ١٣٧٧هـ.